Подавая документы онлайн, теряю ли я возможность воспользоваться льготами?

Нет, не теряете. Чтобы в вузе их учли, надо лично приехать в приемную комиссию и предъявить документы, подтверждающие льготы, право на первоочередное зачисление или другие особенности при поступлении.